En el año1085, tras producirse la conquista de Toledo, las taifas de Sevilla y Badajoz, hicieron un llamamiento a los almorávides. Conscientes del peligro de su propia subsistencia y presionados por las diferentes parias que eran obligadas a pagar a los reinos cristianos que a su vez tenían que revertir sobre su propia población. Si se suma a esto la enorme presión fiscal que sufría su población, la poca eficiencia militar, bandidaje y la corrupción de los funcionarios hizo que los almorávides se convencieran para darles ayuda. Tras atravesar el estrecho y asentarse en Algeciras, los almorávides derrotan a Alfonso VI en la batalla de Sagrajas de 1086, y en los años siguientes acaban con el resto de las taifas.

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La presencia de los primeros indicios del malestar andalusí en contra de los almorávides se produjeron en Córdoba en 1121, la población se rebeló contra los almorávides. Solo la intervención de los alfaquíes pudo evitar lo que sería un baño de sangre. Otras rebeliones se produjeron en distintas ciudades. A partir de 1140 el poder almorávide empieza a decaer en el norte de África por la presión almohade y a la península llegan esas noticias.

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En el año 1144 un sufí, Ibn Qasi comienza un movimiento antialmorávide y van apareciendo territorios musulmanes con gobiernos independientes que constituyen las llamadas segundas taifas. Todas muy efímeras, y la mayor parte de ellas sucumbieron en menos de un lustro al Imperio almohade, salvo la Segunda taifa de Murcia, que regida por el Rey Lobo resistió al poder norteafricano hasta 1172 gracias al apoyo del Reino de Castilla. Caso distinto es la Taifa de Mallorca, que siguió en manos almorávides debido a su carácter insular.

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En el año 1147, el ejército comandado por el líder almohade Abd Al-Mumin llegó a España y conquistó una gran parte del sur de España, incluidas las ciudades de Cádiz, Málaga y Sevilla. En 1172, su hijo Abu Yaqub Yusuf completó la conquista de Al-Ándalus con la toma de la taifa de Murcia y poner fin a la última taifa de este período en la península, todavía quedara la taifa de Mallorca, que finalmente caerá en 1203.